Στο πλαίσιο του Ε.Σ.Υ.Π. λειτουργούν τα εξής επί μέρους Συμβούλια:

Ολομέλεια του ΕΣΥΠ
Συμβούλιο Ανώτατης Πανεπιστημιακής Εκπαίδευσης (Σ.Α.Π.Ε.)
Συμβούλιο Ανώτατης Τεχνολογικής Εκπαίδευσης (Σ.Α.Τ.Ε.)
Συμβούλιο Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης (Σ.Π.Δ.Ε.)

Η συγκρότηση, οργάνωση και λειτουργία του Εθνικού Συμβουλίου Παιδείας καθορίζονται από το Π.Δ. 127 (ΦΕΚ Α’114/12.05.03)